पीएमश्री केन्द्रीय विद्यालय मलप्पुरम की स्थापना 1986 में संस्थापक प्रिंसिपल श्री एन वी नंबूदिरपाद के सक्षम मार्गदर्शन में की गई थी । प्रधानमंत्री श्री केन्द्रीय विद्यालय मलप्पुरम में 300 छात्रों, छह शिक्षकों और दो कार्यालय कर्मचारियों की संख्या 1986 में शुरू हुई थी । इसने कोट्टप्पडी मलप्पुरम में एक किराए की इमारत में काम करना शुरू कर दिया । अपने स्वयं के भवन का पहला ब्लॉक 1989 में तैयार किया गया था और दो और ब्लॉक – प्राथमिक ब्लॉक और प्रयोगशालाओं को बाद में जोड़ा गया था । एक पहाड़ी की ढलान पर होने के कारण इसकी अनूठी विशेषता यह है कि हर मंजिल जमीन पर खुलती है ।